亚克隆技术是指在得到基因DNA片段的情况下，对其进行重新克隆，从而对目的基因DNA进行进一步的分析或者重组改造等。亚克隆技术也是分子克隆技术，这项技术的出现能够让人们对基因DNA序列有更深入的研究，明确基因的功能，从基因角度对生物体表型进行分析。

亚克隆的技术流程主要分成四个步骤：目的片段的获取、酶切载体与目的片段的连接、转入宿主细胞和鉴定筛选。

1. 目的片段的获取

获得目的片段的方法有以下几种方法：1、从基因文库中直接获取目的基因片段；2、运用PCR技术，以mRNA为模板逆转录而成cDNA序列，从而得到cDNA文库获取目的基因；3、使用限制性内切酶将供体DNA切成许多片段后导入到细胞中，经过筛选后得到含有目的基因的细胞；4、获得基因序列信息，在体外进行人工合成。

2. 酶切载体与目的片段的连接

选择适宜的限制性核酸内切酶对载体目的片段序列进行剪切，通常情况下，会产生对称性粘性末端、不对称粘性末端和平末端三种情况。亚克隆实验中优先采用的是不对称粘性末端连接，可将外源DNA定向插入到载体中。

3. 转入宿主细胞

将连接了目的基因的载体转入到细胞中通常有转化/转染以及转导两种方法。转化/转染是将重组质粒或噬菌体转入到经过处理的宿主细胞中；转导的方法是利用携带外源DNA的病毒类侵染宿主细胞。通常情况下，相比于转化的方法，转导的效率更高一些。

4. 鉴定筛选

克隆细胞的筛选通常选用直接筛选的方法。载体带有可辨识的遗传标记，能够有效的将重组分子与原有细胞进行区分和分离。有些载体分子携带外源基因后，形成的菌落或噬菌斑的颜色有明显变化，如蓝色变为无色，明显的颜色表型变化能够让重组分子得到明确的区分。除此之外，还有一些其他的药物筛选方法等，都可以比较简单的通过表型现象对克隆细胞进行有效的筛选。

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