RNA 甲基化指发生在RNA 分子上不同位置的甲基化修饰现象，RNA甲基化免疫共沉淀 （Methylated RNA Immunoprecipitation，MeRIP）基于m6A特异性抗体识别并结合mRNA上的m6A的原理，以RNA免疫共沉淀方法富集甲基化修饰片段为基础，并联合高通量测序，在全转录组范围内研究发生m6A甲基化修饰的RNA区域。是表观转录组学研究的关键技术。
技术路线
分析内容
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1. 测序数据质量评估 2. 参考序列比对分析 3. Peak Calling 4. Motif分析 |
5. Peak相关基因注释 6. 样品间差异Peak分析 7. 差异Peak相关基因GO富集分析 8. 差异Peak相关基因KEGG通路富集分析 |
案例解析
RNA甲基化转移酶METTL14影响肝癌转移
通过在男女各20例肝癌样本中利用q-PCR的方法检测目前已知的RNA甲基化酶和去甲基化酶的表达，发现RNA甲基转移酶METTL14在肝癌中显著下调。干扰METTL14后，利用dot blot和northern blot方法，发现整体RNA甲基化水平也明显降低。通过细胞功能学实验发现，下调表达的METTL14能够促进细胞凋亡、抑制细胞增殖、抑制细胞周期进程。在干扰METTL14的细胞系中，p21及其他细胞周期相关基因出现差异表达，并且这些基因包含有数据库中的RNA甲基化位点。在寻找影响METTL14表达的因素时，IL1β能够明显下调METTL14的表达。结果表明METTL14在肝癌中下调表达并且可能通过RNA甲基化修饰影响细胞周期相关蛋白的表达从而抑制细胞周期进程，METTL14以及RNA甲基化修饰对于肝癌的发展具有重要的作用。
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