T细胞抗体测序分析服务

在过去的几十年中，癌症免疫疗法极大地改变了肿瘤治疗领域。不过，虽然像检查点阻断等治疗方法可产生显著的临床反应，但其功效在癌症患者或癌症类型中并不均匀。由于肿瘤微环境的高度异质性和复杂性，需要对浸润淋巴细胞进行分析，以表征不同类型免疫细胞的众多基本特性，这些特性是癌症免疫疗法中许多未解决的问题的关键。

T细胞是一种淋巴细胞，在细胞介导的免疫调节中起重要作用。通过细胞表面上存在的T细胞受体，可以将T细胞与其他淋巴细胞（例如B细胞和天然杀伤细胞）区分开。大多数人类T细胞，称为αβT细胞，其细胞受体上的α和β链重排。泓迅科技可提供T细胞受体库测序及生信分析，以T淋巴细胞为研究目标，采用靶向扩增技术获取TCR α&β的CDR3区域序列，并结合高通量测序技术和生物信息学分析手段，深度解析T细胞受体库的特征，为肿瘤、感染、自身免疫等免疫相关疾病的临床试验、创新性治疗等研究提供灵敏、精确、可靠的检测手段。

服务优势

独特的内部数据挖掘工具，对抗体测序结果进行预处理，降低假阳性等测序误差

完备的生物信息学分析，经验丰富的抗体研究团队，专有的抗体大数据平台，深度挖掘高价值信息

服务流程

T细胞抗体测序分析服务流程

泓迅经典案例

泓迅科技根据客户所提供的样品，提取RNA，通过RACE等扩增方法，构建T细胞库，并通过高通量测序和后续的生物信息学分析，出具完整的T细胞组库分析报告。
结果展示：
(1) VDJ 基因参考序列比对
利用软件将每个样本测序得到的序列与数据库中记录的 VDJ 基因参考序列进行比对，根据比对结果去除无效的序列，包括未必对上、含终止密码子的序列。根据每条序列的比对结果，确定相应的 VDJ 基因的使用情况和具体的 CDR3 区域序列。

(2) VDJ 基因使用频率分析

Table 1 TRA样本中 V 基因使用频率统计

Gene_name	Chain type	Reads	Frequency
T21	TRA	158837	0.21722
T13-1	TRA	85909	0.117486
T9-2	TRA	81985	0.11212
T38-2/DV8	TRA	50525	0.069096
T4	TRA	37409	0.051159
T20	TRA	24028	0.03286
T2	TRA	23311	0.031879
T7	TRA	22040	0.030141
T12-1	TRA	19884	0.027193
T5	TRA	17587	0.024051
T1-2	TRA	16149	0.022085
…	…	…	…

T细胞抗体测序分析服务1
T细胞抗体测序分析服务2

(3) CDR3 区域长度分析

CDR3 区域长度分析

(4) CDR3种类分析

Table2 TRA测序统计CDR3氨基酸序列长度

CDR3	Reads	Frequency	len
DNNNDMR	3560	0.004869	7
VISRTL	1688	0.002308	6
AVTGNQFY	1397	0.00191	8
AVDSNYQLI	899	0.001229	9
AVNSGNTPLV	847	0.001158	10
AVNRDDKII	718	0.000982	9
AVEYGNKLV	700	0.000957	9
AATDSWGKLQ	696	0.000952	10
AVTSGSRLT	690	0.000944	9
SRTL	676	0.000924	4
AVQGGSEKLV	661	0.000904	10
LVGDTGRRALT	540	0.000738	11
…	…	…	…

Table 3 TRA测序统计CDR3核酸序列长度

CDR3	Reads	Frequency	len
GACAATAACAATGACATGCGC	3560	0.004869	21
GTGATATCCAGAACCCTG	1533	0.002096	18
TCCAGAACCCTG	676	0.000924	12
GCTGTGGATAGCAACTATCAGTTAATC	647	0.000885	27
GCTGTGGAATATGGAAACAAGCTGGTC	644	0.000881	27
GCTGTGAACAGAGATGACAAGATCATC	599	0.000819	27
GCTCTGAGTGACAATGACATGCGC	513	0.000702	24
GCTCTGAGTGAATATGGAAACAAGCTGGTC	507	0.000693	30
GCAGAGAGTTATAATGCAGGCAACATGCTCACC	493	0.000674	33
GCTGTGAGTGGAGGCTTTGGGAATGTGCTGCAT	487	0.000666	33
GCTGTGAGAGCCCCGACGTACAGCAGTGCTTCCAAGATAATC	407	0.000557	42
…	…	…	…