染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA 相互作用的有力工具，基于Illumina Hiseq测序平台，在全基因组范围内研究组蛋白修饰或被转录因子结合的DNA区域，以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     原始数据整理、过滤及质量评估
    2.     参考基因组注释整理与统计
    3.     与参考基因组比对
    4.     Peak Calling
    5.     Peak相关基因GO注释 		    6.     Peak相关基因KEGG注释
    7.     样品间差异Peak分析
    8.     差异Peak相关基因GO富集分析
    9.     差异Peak相关基因KEGG通路富集分析
    10.     Motif分析

案例解析

小鼠外胚层干细胞中转录因子的相关研究
通过高效的ChIP分析程序，研究了小鼠外胚层干细胞中五种主要的转座因子（ZIC2、OTX2、SOX2、POU5F1和POU3F1）的染色体区域，它们有参与EpiSC维护和体细胞发展过程。


参考文献：
Matsuda K, Mikami T, Oki S, et al. ChIP-seq analysis of genomic binding regions of five major transcription factors in mouse epiblast stem cells that highlights a central role for ZIC2. Development, 2018.

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