微生物群落多样性分析是指利用二代高通量测序技术，对微生物的16S rDNA、18S rDNA、ITS以及目标区域扩增子测序，分析环境中细菌、古细菌以及真菌的种类组成和含量，揭示环境样品中微生物种类以及它们之间的差异、相对丰度、种群结构和进化关系；对于研究微生物与人类医疗健康、食品安全、环境检测与治理、微生物资源的利用等有着重要的指导作用。

产品优势：

• 无需分离培养，直接对菌群样本中的微生物特征序列进行扩增检测，简单快速
• Illumina测序平台，测序周期短，读长更长
• 全面的分析内容，为您的项目提供解决方案

技术路线：
技术路线

分析内容：

    1. 数据质控与统计
    2. OTU 分类分析
        2.1 OTU 聚类分析
        2.2 分类学分析
    3. 群落组成分析 (Community)
        3.1 物种组成饼图
        3.2 多级物种组成图
        3.3 多样本物种组成柱状图
        3.4 多样本物种组成聚类热图
        3.5 属水平物种进化树
    4. Alpha 多样性分析（AlphaDiversity）
        4.1 多样性指数统计
        4.2 多样性指数差异分析
        4.3 稀释性曲线（Rarefaction curve）
        4.4 等级聚类曲线（Rank-Aundance）曲线
    5. Beta 多样性分析（BetaDiversity）
        5.1 基于OTU 的Venn 图
        5.2 PCA 分析
        5.3 PCoA 分析
        5.4 UPGMA聚类树图
        5.5 NMDS 分析
        5.6 组间群落结构差异显著性检验
            5.6.1 ADONIS 分析
            5.6.2 Anosim分析
            5.6.3 MRPP分析
            5.6.4 Amova分析
    6. 差异分析
        6.1 Metastats 分析
        6.2 Lefse 分析
    7. 功能分析
    8. 关联分析

案例解析：

肠道微生物介导的肉苁蓉提取物干预慢性不可预测性应激大鼠的抗抑郁样作用研究
本研究建立慢性不可预测应激（CUS）诱导抑郁模型，探讨肉苁大管提取物（CTE）对行为测试、海马和结肠单胺类神经递质和神经营养因子、肠道微生物群组成、短链脂肪酸产生的影响。通过16s rDNA测序、代谢组学测序和生化指标（5-HT、NE、BDNF）检测，相关分析结果表明CTE显著改善不可预测应激大鼠的抑郁样行为。β多样性分析中对照组与模型组显著分离，高剂量CTE组有恢复正常组趋势，在门水平上，大部分的肠道菌群为厚壁菌门和拟杆菌门，在属水平上大部分为乳酸菌、瘤胃球菌和拟杆菌属等，拟杆菌与海马体中5-HT正相关，却与丁酸、异丁酸、戊酸、异戊酸等成负相关；瘤胃球菌和海马体中5-HT呈显著负相关。


参考文献：
Yang Li , Ying Peng et al. Antidepressant-Like Effects of Cistanche tubulosa Extract on Chronic Unpredictable Stress Rats Through Restoration of Gut Microbiota Homeostasis. Frontiers in Pharmacology, 2018.

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