全转录组即特定细胞或组织在某一功能状态下转录产物 (mRNA、 LncRNA、 CircRNA 以及 microRNA) 的合集。全转录组测序可对同一个样品同时进行 mRNA、 LncRNA、 CircRNA 和 microRNA 的单独分析，还可进行多种 RNA联合分析以及内源竞争性 RNA 整合分析，分子标记筛选等，探究其潜在的调控网络机制，揭示转录调控问题。主要应用于免疫机制、疾病领域、发育进化、致病机理和药物靶标等方面的研究。
技术路线
分析内容
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1. 数据过滤与统计 2. 参考序列比对分析 2.1 比对结果统计 2.2 转录组整体质量评估 3. mRNA分析 3.1 mRNA表达分析 3.2 mRNA差异表达分析 3.3 差异mRNAGO和KEGG富集分析 3.4 差异表达基因蛋白互作网络分析 3.5 外显子表达差异分析 4. LncRNA靶基因GO富集分析 4.1 lncRNA鉴定 4.2 lncRNA表达分析 4.3 lncRNA差异表达分析 4.4 差异lncRNA靶基因预测 4.5 差异lncRNA靶基因GO和KEGG富集分析 4.6 lncRNA与mRNA比较分析 4.7 差异lncRNA与差异靶基因互作分析 |
5. circRNA分析 5.1 circRNA识别分析 5.2 circRNA表达定量 5.3 circRNA差异表达分析 5.4 circRNA来源基因的GO和KEGG富集分析 6. miRNA分析 6.1 miRNA表达定量 6.2 miRNA差异表达分析 6.3 miRNA靶基因的GO和KEGG富集分析 6.4 lncRNA与miRNA互作分析 6.5 circRNA与miRNA互作分析 7. 联合分析 7.1 mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA联合分析 7.2 mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA基因组圈图 7.3 组间共有特有差异mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA可视化 7.4 mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA可视化平台搭建 7.5 mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA共表达网络分析 8. ceRNA分析 |
案例解析
ceRNA调控网络解析泡桐属植物疾病
长非编码 RNA（LncRNA）、环状 RNA（CircRNA）和微小 RNA（MiRNA）在生命活动的调控中起着重要的作用。然而，它们在泡桐中的作用尚不清楚。识别 LncRNAs, CircRNAs, miRNA 通过对正常和被感染的泡桐丛枝病（Pawb）的RNA 序列分析，探讨了它们在泡桐病发病过程中的作用。总共鉴定出 3126 个 LncRNAs、 1634 个 CircRNAs 和 550 个miRNAs。其中 229 个 LncRNAs、 65 个 CircRNAs 和 65 个 miRNAs 有显著差异表达。构造 ceRNA 网络由 5 个 miRNA、4 个 CircRNA、 5 个 LncRNAs 和 15 个 mRNA 组成，它们在健康和感染的泡桐中均有不同程度的表达。本研究提供了泡桐中候选的 ceRNAs，揭示了 Pawb 的分子机制。
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