Small RNA 是一类重要的体内调节分子,长度在 18-30nt,主要包括 miRNA、 siRNA 和 piRNA。在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Small RNA 测序采用 Illumina 测序平台,研究某一物种特定组织在特定状态下的已知 Small RNA,也可发现新的物种或组织特异Small RNA并预测其靶基因,为研究 Small RNA 的功能及此物种的基因调控机制提供了有力工具,已广泛应用于动植物的研究和医学领域。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     原始数据过滤
    2.     Clean reads长度分布统计
    3.     基因组比对
    4.     已知miRNA注释
    5.     ncRNA分析
    6.     重复序列比对
    7.     内含子、外显子比对
    8.     Small RNA分类注释统计
    9.     已知miRNA碱基偏好性
    10.     已知miRNA碱基编辑
    11.     miRNA保守性分析
    12.     miRNA家族分析
    13.     miRNA表达量统计分析
    14.     不同表达区间的miRNA统计
    15.     样本间共有特有表达miRNA分析
    16.     miRNA表达量密度分布
    17.     样品相关性检测
    18.     PCA分析
    19.     miRNA差异表达分析
    20.     多组差异表达分析比较
    21.     差异表达miRNA聚类分析
    22.     差异表达miRNA趋势分析
    23.     新miRNA预测
    24.     新miRNA表达量统计
    25.     新miRNA差异表达分析
    26.     miRNA靶基因预测
    27.     靶基因富集分析(GO)
    28.     靶基因富集分析(KEGG)
    29.     miRNA与mRNA互作分析
    30.     组间共有特有差异基因可视化
    31.     已知piRNA注释

部分分析结果展示
miRNA- 基因调控网络&miRNA- 转录因子调控网络

miRNA- 基因调控网络&miRNA- 转录因子调控网络

案例解析

组织中miRNA在巴雷特食管非内窥镜诊断中的选择与应用
本研究分析了38例Barrett’s esophagus(BE)和26例正常食管患者内镜时采集的2组独立食管活检组织的miRNA的表达谱,确定了一种可以识别BE患者细胞海绵样本的图谱,AUC为0.93.此外mir-194通过表现遗传在BE样品中表达增加,推测这可能与BE的发病机制有关。

Mir192/194和miRNA启动子区域低甲基化形成mir192-194-2共表达簇

Mir192/194和miRNA启动子区域低甲基化形成mir192-194-2共表达簇


参考文献:
Li X, Kleeman S, et al. Selection and Application of Tissue microRNAs for Nonendoscopic Diagnosis of Barrett’s Esophagus. Gastroenterology, 2018.

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