RNA 甲基化指发生在RNA 分子上不同位置的甲基化修饰现象,RNA甲基化免疫共沉淀 (Methylated RNA Immunoprecipitation,MeRIP)基于m6A特异性抗体识别并结合mRNA上的m6A的原理,以RNA免疫共沉淀方法富集甲基化修饰片段为基础,并联合高通量测序,在全转录组范围内研究发生m6A甲基化修饰的RNA区域。是表观转录组学研究的关键技术。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     测序数据质量评估
    2.     参考序列比对分析
    3.     Peak Calling
    4.     Motif分析
    5.     Peak相关基因注释
    6.     样品间差异Peak分析
    7.     差异Peak相关基因GO富集分析
    8.     差异Peak相关基因KEGG通路富集分析

部分分析结果展示
Peaks位点在基因组序列上的分布

Peaks位点在基因组序列上的分布

KEGG富集分析
KEGG富集分析

案例解析

RNA甲基化转移酶METTL14影响肝癌转移
通过在男女各20例肝癌样本中利用q-PCR的方法检测目前已知的RNA甲基化酶和去甲基化酶的表达,发现RNA甲基转移酶METTL14在肝癌中显著下调。干扰METTL14后,利用dot blot和northern blot方法,发现整体RNA甲基化水平也明显降低。通过细胞功能学实验发现,下调表达的METTL14能够促进细胞凋亡、抑制细胞增殖、抑制细胞周期进程。在干扰METTL14的细胞系中,p21及其他细胞周期相关基因出现差异表达,并且这些基因包含有数据库中的RNA甲基化位点。在寻找影响METTL14表达的因素时,IL1β能够明显下调METTL14的表达。结果表明METTL14在肝癌中下调表达并且可能通过RNA甲基化修饰影响细胞周期相关蛋白的表达从而抑制细胞周期进程,METTL14以及RNA甲基化修饰对于肝癌的发展具有重要的作用。

METTL14介导m6A修饰通过与DGCR8互作调控miR-126加工

METTL14介导m6A修饰通过与DGCR8互作调控miR-126加工


参考文献:
Jin-zhao Ma,1 Fu Yang, et al. METTL14 suppresses the metastatic potential of hepatocellular carcinoma by modulating N6‐methyladenosine‐dependent primary MicroRNA processing. Hepatology, 2017.

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