原核转录组测序是基于Illumina测序平台,构建链特异性文库,研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA,从而找出关键功能基因。由于原核生物mRNA没有polyA尾结构,需要采用去除rRNA的方法构建文库。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     原始数据整理、过滤及质量评估
    2.     参考基因组注释信息整理
    3.     比对到参考基因组及结果评估
    4.     eggNOG分类分析
    5.     基因表达量统计
    6.     表达差异基因分析
    7.     表达差异基因GO富集分析
    8.     表达差异基因KEGG富集分析
    9.     表达差异基因聚类分析
    10.     PCA分析
    11.     组间共有差异基因可视化
    12.     cSNP分析
    13.     新转录位点预测
    14.     操纵子预测分析
    15.     UTR分析
    16.     antisense RNA分析

部分分析结果展示
RPKM密度分布&样品相关性检验

RPKM密度分布&样品相关性检验

案例解析

人类肠道共生菌调节自身免疫
本研究通过转录组测序技术,分别在体外和小鼠模型中研究了Roseburia hominis和宿主细胞的信号转导机制,结果表明Roseburia hominis和宿主细胞之间存在特殊的双向基因表达模型,可用于控制和治疗肠道炎症。

接种后小鼠肠道差异基因表达情况

接种后小鼠肠道差异基因表达情况


参考文献:
Patterson AM, Mulder IE, et al. Human Gut Symbiont Roseburia hominis Promotes and Regulates Innate Immunity. Frontiers in Immunology, 2017.

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