原核转录组测序是基于Illumina测序平台,构建链特异性文库,研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA,从而找出关键功能基因。由于原核生物mRNA没有polyA尾结构,需要采用去除rRNA的方法构建文库。

技术路线

技术路线

分析内容

    1. 数据过滤与统计
    2. 参考序列比对分析
        2.1 比对结果统计
        2.2 比对结果可视化
        2.3 基因组区域分布
        2.4 转录组整体质量评估
    3. 新转录本预测
    4. 基因表达量分析
        4.1 不同样品表达量对比
        4.2 样本相关性分析
        4.3 样品主成分分析
    5. 基因表达差异分析
        5.1 差异表达分析
        5.2 组间差异基因venn/花瓣图
        5.3 差异基因表达M-A 图
        5.4 差异基因表达火山图
        5.5 差异基因聚类热图
    6. 差异基因GO 和KEGG 富集分析
        6.1 差异表达基因GO 富集分析
        6.2 差异表达基因KEGG 富集分析

部分分析结果展示
FPKM 密度分布图&样品相关性检验

FPKM 密度分布图&样品相关性检验

案例解析

人类肠道共生菌调节自身免疫
本研究通过转录组测序技术,分别在体外和小鼠模型中研究了Roseburia hominis和宿主细胞的信号转导机制,结果表明Roseburia hominis和宿主细胞之间存在特殊的双向基因表达模型,可用于控制和治疗肠道炎症。

接种后小鼠肠道差异基因表达情况

接种后小鼠肠道差异基因表达情况


参考文献:
Patterson AM, Mulder IE, et al. Human Gut Symbiont Roseburia hominis Promotes and Regulates Innate Immunity. Frontiers in Immunology, 2017.

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