原核转录组测序是基于Illumina测序平台,构建链特异性文库,研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA,从而找出关键功能基因。由于原核生物mRNA没有polyA尾结构,需要采用去除rRNA的方法构建文库。
技术路线

分析内容
1. 原始数据整理、过滤及质量评估 2. 参考基因组注释信息整理 3. 比对到参考基因组及结果评估 4. eggNOG分类分析 5. 基因表达量统计 6. 表达差异基因分析 7. 表达差异基因GO富集分析 8. 表达差异基因KEGG富集分析 |
9. 表达差异基因聚类分析 10. PCA分析 11. 组间共有差异基因可视化 12. cSNP分析 13. 新转录位点预测 14. 操纵子预测分析 15. UTR分析 16. antisense RNA分析 |
部分分析结果展示
案例解析
人类肠道共生菌调节自身免疫
本研究通过转录组测序技术,分别在体外和小鼠模型中研究了Roseburia hominis和宿主细胞的信号转导机制,结果表明Roseburia hominis和宿主细胞之间存在特殊的双向基因表达模型,可用于控制和治疗肠道炎症。
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