微生物重测序是基于高通量测序数据,与近缘参考基因组进行比对,进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因对于参考基因组的SNP和Indel等一系列变异信息,从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析,或作为标记进行大规模的进化分析。

技术路线

技术路线

分析内容

    1. 数据质控与统计
    2. 基因组组装
    3. 基因组组分分析
        3.1 编码基因预测
        3.2 重复序列
        3.3 tRNA/rRNA查找
        3.4 前噬菌体
    4. 比较分析
        4.1 SNP统计与注释
        4.2 Indel统计与注释
        4.3 物种进化分析
        4.4 共有和特有基因分析
        4.5 基因家族分析
        4.6 全基因组共线性分析

部分分析结果展示
样品kmer统计图

样品kmer统计图

物种间的进化关系图
物种间的进化关系图

案例解析

比较基因组揭示酵母进化关系
本研究对29种(新测16种)有生物及时应用背景的酵母进行了比较基因组学分析,鉴定出遗传密码的改变CUG-Ser——CUG-Ala,通过进化分析、比较基因组分析和酵母代谢通路分析等,研究了菌株间的进化关系,找到了内在的进化规律,为以后的生产研究提供了思路。

代谢性状及其基因的分布

代谢性状及其基因的分布


参考文献:
Robert R, Harida s, et al. Comparative genomics of biotechnologically important yeasts. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016.

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