微生物重测序是基于高通量测序数据,与近缘参考基因组进行比对,进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因对于参考基因组的SNP、InDel、SV等一系列变异信息,从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析,或作为标记进行大规模的进化分析。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     原始数据整理
    2.     质量控制
    3.     高质量数据获取
    4.     参考基因组整理
    5.     序列比对分析
    6.     序列比对结果统计
    7.     SNP检测及注释
    8.     INDEL检测及注释
    9.     CNV分析
    10.     SV分析
    11.     非同义SNP及Indel的可视化
    12.     基于群体SNP的进化树重构
    13.     基于群体SNP的PCA分析
    14.     基因组序列拼接
    15.     基因组拼装效果评价
    16.     全基因序列比对
    17.     区域的功能分析
    18.     外源插入片段检测
    19.     耐药位点检测

部分分析结果展示
SNP分布图

SNP分布图

插入位点分布图
插入位点分布图

案例解析

比较基因组揭示酵母进化关系
本研究对29种(新测16种)有生物及时应用背景的酵母进行了比较基因组学分析,鉴定出遗传密码的改变CUG-Ser——CUG-Ala,通过进化分析、比较基因组分析和酵母代谢通路分析等,研究了菌株间的进化关系,找到了内在的进化规律,为以后的生产研究提供了思路。

代谢性状及其基因的分布

代谢性状及其基因的分布


参考文献:
Robert R, Harida s, et al. Comparative genomics of biotechnologically important yeasts. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016.

订购与咨询

您可以通过以下任意方式下单或咨询,工作时间我们保证在1小时内给您反馈:

  1. Email:将您的需求填写完整后发送到support@synbio-tech.com
  2. 电话订购:您可以直接拨打免费热线4000-973-630(按1)联系我们经验丰富的工程师
  3. 在线咨询:您有任何技术问题均可与我们进行网页在线互动