宏基因组学又称为环境基因组学,是指对某一特定环境中微生物基因组进行分析,将获得的微生物组总DNA随机打断成短片段,并构建合适长度的插入片段文库,对这些文库进行双端高通量测序,研究环境微生物的功能活性、多样性、种群结构、进化关系以及它们与环境之间的关系。宏基因组测序具有通量高、速度快、信息全等特点,在鉴定低丰度的微生物群落、挖掘更多基因资源方面具有很大优势。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     原始数据预处理和质量控制
    2.     序列组装拼接
    3.     基因预测与功能注释
        •     基因预测及去冗余
        •     KEGG/EggNOG/CAZy蛋白功能注释
        •     功能差异分析/比较分析/聚类分析
        •     共有-特有KEGG代谢通路分析
    4.     物种注释与组成谱分析
        •     物种注释/差异分析/聚类分析
        •     MEGAN/GraphIAn可视化展示
        •     物种互作网络关联分析
        •     SourceTraker分析
    5.     特定数据库的注释分析
        • 分泌蛋白/T3SS预测分析
        •     PHI/VFDB/MvirDB/ARDB/CARD数据库注释分析
    6.     Alpha和Beta多样性分析
        •     Alpha多样性分析
        •     Bray-Curtis PCoA/NMDS/UPGMA/PCA分析
        •     共有功能/物种类群分析
        •     功能-物种一致性分析
    7.     生物标志物筛选
        • LEfSe分析
        • RDA/CAP/PLS-DA分析
        • PERMANOVA/ANOSIM分析
        • 随机森林分析

部分分析结果展示
EggNOG功能类群组间差异分析图

EggNOG功能类群组间差异分析图

功能—物种一致性Procrustes分析图
功能—物种一致性Procrustes分析图

案例解析

肠道菌-胆汁酸-IL22轴调控多囊卵巢综合征发病
本研究收集了 43 名健康对照人群和 50 名 PCOS患者的粪便样本,进行宏基因组测序,同时收集血清样本进行胆汁酸检测,结果表明PCOS 患者普通拟杆菌 ( B. vulgatus ) 丰度显著升高导致肠道菌群异常,胆汁酸代谢是影响PCOS 患者肠道菌群异常的重要通路,胆汁酸通过肠道 ILC3 的 GATA3 通路刺激 IL-22 分泌,进一步促进白色脂肪棕色化以及抑制卵巢局部炎症改善PCOS表型。


参考文献:
X Qi, C Yun, et al. Gut Microbiome-Bile Acid-Interleukin-22 axis orchestrates polycystic
ovary syndrome. Natute medicine,2019.

订购与咨询

您可以通过以下任意方式下单或咨询,工作时间我们保证在1小时内给您反馈:

  1. Email:将您的需求填写完整后发送到support@synbio-tech.com
  2. 电话订购:您可以直接拨打免费热线4000-973-630(按1)联系我们经验丰富的工程师
  3. 在线咨询:您有任何技术问题均可与我们进行网页在线互动