长链非编码 RNA(Long non-coding RNA, LncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA(不含 rRNA)。研究表明 , LncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用,成为遗传学研究热点。通过 LncRNA 测序,可以快速获得与其生物学过程或者疾病相关的 LncRNA 表达变化,促进其深入研究。

方案设计

LncRNA实验设计为差异比较,常见的类型是实验组与对照组进行两两比较;若考虑时空因素,如按照不同生长发育阶段或疾病发生发展整个过程进行比较,即进行多重比较分析。然后对LncRNA进行靶基因预测和富集分析。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     原始数据整理、过滤及质量评估
    2.     参考基因组注释信息整理
    3.     比对结果基本统计
    4.     比对区域分布统计
    5.     比对结果的可视化
    6.     基因覆盖均一度
    7.     mRNA表达量分析
    8.     READS在已知类型基因的分布
    9.     不同表达区间基因的统计
    10.     样本间共有特有表达基因统计
    11.     mRNA FPKM密度分布
    12.     mRNA FPKM饱和度
    13.     mRNA 样品相关性检验
    14.     mRNA PCA分析
    15.     基因表达差异分析
    16.     多组差异表达分析比较
    17.     差异基因聚类分析
    18.     差异基因趋势分析
    19.     表达差异基因GO富集分析
    20.     表达差异基因KEGG通路富集分析
    21.     差异表达基因蛋白互作网络分析
    22.     外显子表达差异分析
    23.     转录因子分析
    24.     mRNA新转录位点统计和注释分析
    25.     cSNP和indel统计和注释分析
    26.     差异可变剪切分析
    27.     UTR分析
    28.     LncRNA拼接
    29.     LncRNA编码潜能分析
    30.     LncRNA表达量分析
    31.     LncRNA表达差异分析
    32.     LncRNA多组差异表达分析比较
    33.     差异LncRNA聚类分析
    34.     差异LncRNA趋势分析
    35.     LncRNA靶基因预测和富集分析
    36.     差异lncRNA与差异靶基因互作分析
    37.     mRNA+lncRNA基因组圈图
    38.     组间共有特有差异mRNA+lncRNA可视化
    39.     mRNA转录本表达差异分析
    40.     mRNA+lncRNA共表达网络分析
    41.     ceRNA分析

部分分析结果展示

转录本特征分析&GO有向无环图

案例解析

LncRNA-BLACAT2促进膀胱癌相关的淋巴管生成和淋巴结转移
本研究报道的lncRNA LINC0095在LN转移性膀胱癌中显着上调并且与LN转移相关,还证明了BLACAT2通过直接与WDR5结合在表观上调控VEGF-C的表达,这些发现揭示了膀胱癌淋巴结转移的分子机制,并表明BLACAT2可能是临床干预LN转移性膀胱癌的一个靶点。

BLACAT2过表达与膀胱癌淋巴结转移及预后不良相关

BLACAT2过表达与膀胱癌淋巴结转移及预后不良相关


参考文献:
He W, Zhong G, et al. Long noncoding RNA BLACAT2 promotes bladder cancer–associated lymphangiogenesis and lymphatic metastasis. Journal of Clinical Investigation, 2018.

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