长链非编码 RNA(Long non-coding RNA, LncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA(不含 rRNA)。研究表明 , LncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用,成为遗传学研究热点。通过 LncRNA 测序,可以快速获得与其生物学过程或者疾病相关的 LncRNA 表达变化,促进其深入研究。

方案设计

LncRNA实验设计为差异比较,常见的类型是实验组与对照组进行两两比较;若考虑时空因素,如按照不同生长发育阶段或疾病发生发展整个过程进行比较,即进行多重比较分析。然后对LncRNA进行靶基因预测和富集分析。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     数据质控及统计
    2.     序列比对与拼接
          2.1     Reads与参考基因组比对情况统计
          2.2     Reads在染色体上的密度分布情况
          2.3     Reads在已知类型的基因分布情况
    3.     SNP和Indel分析
    4.     可变剪切分析
          4.1     可变剪切分类和数量统计
          4.2     可变剪切结构和表达量统计
    5.     转录本拼接
    6.     lncRNA筛选
          6.1     LncRNA筛序结果
                6.1.1     LncRNA 筛选统计图
                6.1.2     编码潜能筛选维恩图
          6.2     LncRNA特征分析
          6.3     筛选lncRNA分类情况
                6.3.1     LncRNA 与 mRNA 的长度比较分析
                6.3.2     LncRNA 与 mRNA exon 数目比较
                6.3.3     LncRNA 与 mRNA ORF 长度比较
    7.     定量分析
          7.1     定量结果展示
          7.2     不同类型转录本表达水平比较
          7.3     不同试验条件下表达水平比较
          7.4     样品间表达相关性检查
    8.     差异表达分析
          8.1     差异表达分析结果
          8.2     差异表达转录本火山图
          8.3     差异表达转录本染色体分布
          8.4     差异表达转录本聚类分析
    9.     LncRNA靶向mRNA预测
    10.     GO富集分析
    11.     KEGG富集分析
    12.     蛋白互作网络分析

部分分析结果展示

转录本特征分析&GO有向无环图

案例解析

LncRNA-BLACAT2促进膀胱癌相关的淋巴管生成和淋巴结转移
本研究报道的lncRNA LINC0095在LN转移性膀胱癌中显着上调并且与LN转移相关,还证明了BLACAT2通过直接与WDR5结合在表观上调控VEGF-C的表达,这些发现揭示了膀胱癌淋巴结转移的分子机制,并表明BLACAT2可能是临床干预LN转移性膀胱癌的一个靶点。

BLACAT2过表达与膀胱癌淋巴结转移及预后不良相关

BLACAT2过表达与膀胱癌淋巴结转移及预后不良相关


参考文献:
He W, Zhong G, et al. Long noncoding RNA BLACAT2 promotes bladder cancer–associated lymphangiogenesis and lymphatic metastasis. Journal of Clinical Investigation, 2018.

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