遗传图谱(Genetic map)又称遗传连锁图谱(Genetic linkage map),是分子标记在染色体上的排列顺序与相对距离的线形图。基于重测序技术构建高密度遗传图谱正逐渐成为研究者青睐的技术,它的优势在于可较快地开发大量的分子标记,可以获得遗传图谱,克服了基于低通量分子标记隐密度低而不能提供准确的QTLs 数目和座位信息的缺点。

应用领域

    •    基因组 scaffolds 的排序,改善基因组拼接质量
    •    QTL 定位

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     下机数据统计
    2.     数据质控
    3.     高质量数据获取
    4.     参考基因组整理
    5.     序列比对
    6.     序列比对结果概述
    7.     SNP检测
    8.     SNP统计
    9.     9. SNP注释
    10.     SNP分型及筛选
    11.     遗传连锁图谱构建
    12.     单体型来源评估
    13.     重组热点评估
    14.     遗传距离与物理距离相关性分析
    15.     QTL定位

部分分析结果展示
遗传连锁图谱

遗传连锁图谱

案例解析

欧洲梨树高密度分子遗传图谱构建和营养生长相关QTL定位
梨在发芽期遇上低温,容易导致芽休眠,从而对梨的生产影响很大。所以研究控制梨树遇到低温芽休眠的基因有重要的意义。本研究通过高通量测序构建了欧洲梨的高密度分子遗传图谱,并成功定位了影响梨树叶芽休眠的关键基因。可以应用于梨树的标记辅助选择育种。

QTL定位分析

QTL定位分析


参考文献:
Gabay G, Dahan Y, Izhaki Y, et al. High-resolution genetic linkage map of European pear (Pyrus communis) and QTL fine-mapping of vegetative budbreak time. BMC Plant Biology. 2018.

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