真菌全基因组从头测序(Fungi Whole Genome de novo Sequencing),是指对基因组序列未知或无近缘物种基因组信息的某个物种,构建不同插入片段的基因组DNA文库并对文库进行序列测定,然后利用生物信息学方法进行拼接、组装和注释,从而获得该真菌的全基因组序列图谱。

一、真菌初级组装

技术路线

技术路线

分析内容

    1. 数据质控与统计
    2. 组装
    3. 基因组组分分析
    4. 基因功能分析

部分分析结果展示
Kmer分布

Kmer分布

基因组进化分析
基因组进化分析

二、真菌高级组装

技术路线

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分析内容

    1. 数据质控与统计
    2. 组装
    3. 基因组组分分析
    4. 基因功能分析

案例解析

Pyrenophora病原菌生物合成基因簇的扩增与保存
本研究利用PacBio平台进行基因组组装,以硅生物合成基因簇为基础,对三种Pyrenophora病原菌的潜在代谢变异进行了综合比较分析,突出了它们的多样性。反映了它们不同的进化历史、宿主适应和生活方式。

全基因组系统发育分析

全基因组系统发育分析


参考文献:
Moolhuijzen PM, Muria-Gonzalez MJ, Syme R, et al. Expansion and Conservation of Biosynthetic Gene Clusters in Pathogenic Pyrenophora spp. Toxins (Basel), 2020.

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