群体进化研究是指通过全基因组重测序技术获得某物种自然群体各亚群的基因组信息, 通过与参考基因组比对,得到大量高准确性的SNP、InDel、SV、CNV等变异信息,然后基于群体变异信息,讨论群体的遗传结构、基因交流情况、物种形成机制以及群体进化动态等生物学问题, 从而从分子层面深入研究该物种的进化历程。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     下机数据统计
    2.     数据质控
    3.     高质量数据获取
    4.     比对分析
    5.     测序深度及覆盖度统计
    6.     群体SNP检测与统计
    7.     群体SNP注释
    8.     取样网络图绘制
    9.     样品地理距离计算
    10.     样品间遗传距离计算
    11.     基于SNP的系统进化树重构
    12.     群体主成分分析
    13.     群体遗传结构分析
    14.     群体遗传多样性分析
    15.     群体特异性SNP鉴定
    16.     群体分歧时间估算
    17.     连锁不平衡分析
    18.     选择性清除分析
    19.     基因流分析
    20.     有效种群大小估计

部分分析结果展示
群体结构分析

群体结构分析

案例解析

非洲土著牛的基因组图谱
本研究5个土著群体的48头非洲牛的基因组进行了测序,并与53个商业品种牛的基因组进行了比较。结果发现非洲瘤牛和桑加牛的遗传多样性最高。利用遗传进化相关分析深入探究非洲牛对气候、疾病和人工选择的相关机制,对研究非洲大陆牛种群遗传多样性具有重要意义。

非洲牛的种群历史动态和基因流分析

非洲牛的种群历史动态和基因流分析


参考文献:
Kim J, Hanotte O, et al. The genome landscape of indigenous African cattle. Genome Biology, 2017.

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