真核有参转录组测序采用Illumina测序平台,对真核生物特定组织或细胞在某个特定状态下转录的所有mRNA进行测序,与参考基因组比对,既可全面快速分析mRNA序列和丰度信息,也可对基因结构和产生的新转录本进行分析。目前已经广泛应用于基础研究、分子育种、临床诊断和药物研发等领域。

方案设计

转录组实验设计为差异基因比较,常见的类型是实验组与对照组进行两两比较;若考虑时空因素,如按照不同生长发育阶段或疾病发生发展整个过程进行比较,即进行多重比较分析。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     原始数据整理、过滤及质量评估
    2.     参考基因组注释整理与统计
    3.     比对结果质控
    4.     基因表达量统计
    5.     测序饱和度分析
    6.     基因覆盖均一度分析
    7.     样品相关性检验
    8.     基因表达模式分布
    9.     基因表达差异分析
    10.     差异表达双向聚类分析
    11.     PCA分析
    12.     表达差异基因GO富集分析
    13.     表达差异基因KEGG富集分析
    14.     表达差异基因聚类分析
    15.     cSNP分析
    16.     可变剪切分析
    17.     UTR分析
    18.     新转录位点分析
    19.     组间共有差异基因可视化
    20.     转录组可视化平台搭建
    21.     转录本表达差异分析
    22.     外显子表达差异分析
    23.     蛋白网络互作分析
    24.     基因组圈图
    25.     共表达网络分析

部分分析结果展示
差异基因表达火山图&维恩图

差异基因表达火山图&维恩图

案例解析

人类胚胎的遗传组成结构
本研究通过单细胞转录组测序,对来自2-3日龄胚胎的卵母细胞、受精卵和单卵裂球进行检测,分别发现有32个和129个基因在卵母细胞到四细胞过渡和四细胞到八细胞过渡过程中特异性表达,检测出大量新基因,本研究为人类胚胎发育早期的细胞编程的研究提供参考。

真核有参转录组测序


参考文献:
Töhönen V, Katayama S, et al. Novel PRD-like homeodomain transcription factors and retrotransposon elements in early human development. Nature Communications, 2015.

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