真核无参转录组测序采用Illumina测序平台,对真核生物特定组织或细胞在某个特定状态下转录的所有RNA进行测序,拼接出最长的转录本为unigene,以unigene为参考序列进行后续分析,为研究无参考基因组物种的转录水平变化提供有力的技术手段。目前已经广泛应用于基础研究、分子育种、临床诊断和药物研发等领域。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     原始数据整理
    2.     数据质控
    3.     高质量序列获取
    4.     转录本拼装及分析
    5.     Unigene 聚类
    6. Unigene 功能注释
    7. Unigene GO 分类注释
    8. Unigene eggNOG分类注释
    9. Unigene KEGG分类注释
    10.     Unigene 表达量计算
    11.     Unigene表达量密度分布
    12.     Unigene测序饱和度分析
    13.     Unigene覆盖均一度分析
    14.     样品相关性检测
    15.     表达差异 Unigene 检测(两两样品间)
    16.     表达差异 Unigene GO富集分析
    17.     表达差异 Unigene GOSlim富集分析
    18.     表达差异 Unigene KEGG富集分析
    19.     表达差异 Unigene 聚类分析
    20.     主成分分析
    21.     cSNP 分析
    22.     InDel 分析
    23.     SSR 分析
    24.     ORF 分析
    25.     组间共有特有差异基因可视化
    26.     蛋白网络互作分析
    27.     转录因子分析
    28.     共表达网络分析
    29.     共有差异表达基因分析

部分分析结果展示
差异表达基因聚类&SNP 和 InDel 统计

差异表达基因聚类&SNP 和 InDel 统计

案例解析

无参转录组揭示幼体硬壳蛤色素沉着分子机制
本研究对非色素沉着、白色和红色的硬壳蛤进行了RNA-Seq分析,以探讨幼体硬壳蛤色素沉着的机制。DEGs有黑色素瘤/黑色素形成、ABC转运体、类胡萝卜素代谢相关途径、卟啉和叶绿素代谢,可能参与色素的形成和调控。这些发现表明黑色素和类胡萝卜素可能是硬蛤壳的主要色素。

NP vs OP  KEGG 富集分析

NP vs OP KEGG 富集分析


参考文献:
Hu Z, Song H, et al. De novo assembly transcriptome analysis reveals the preliminary molecular mechanism of pigmentation in juveniles of the hard clam Mercenaria mercenaria. Genomics, 2020.

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