染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA 相互作用的有力工具,基于Illumina Hiseq测序平台,在全基因组范围内研究组蛋白修饰或被转录因子结合的DNA区域,以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     原始数据整理、过滤及质量评估
    2.     参考基因组注释整理与统计
    3.     与参考基因组比对
    4.     Peak Calling
    5.     Peak相关基因GO注释
    6.     Peak相关基因KEGG注释
    7.     样品间差异Peak分析
    8.     差异Peak相关基因GO富集分析
    9.     差异Peak相关基因KEGG通路富集分析
    10.     Motif分析

部分分析结果展示
Peak Calling

Peak Calling

KEGG富集分析
KEGG富集分析

案例解析

小鼠外胚层干细胞中转录因子的相关研究
通过高效的ChIP分析程序,研究了小鼠外胚层干细胞中五种主要的转座因子(ZIC2、OTX2、SOX2、POU5F1和POU3F1)的染色体区域,它们有参与EpiSC维护和体细胞发展过程。

ChIP里峰的overlap统计

ChIP里峰的overlap统计


参考文献:
Matsuda K, Mikami T, Oki S, et al. ChIP-seq analysis of genomic binding regions of five major transcription factors in mouse epiblast stem cells that highlights a central role for ZIC2. Development, 2018.

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