全转录组即特定细胞或组织在某一功能状态下转录产物 (mRNA、 LncRNA、 CircRNA 以及 microRNA) 的合集。全转录组测序可对同一个样品同时进行 mRNA、 LncRNA、 CircRNA 和 microRNA 的单独分析,还可进行多种 RNA联合分析以及内源竞争性 RNA 整合分析,分子标记筛选等,探究其潜在的调控网络机制,揭示转录调控问题。主要应用于免疫机制、疾病领域、发育进化、致病机理和药物靶标等方面的研究。

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     READS在已知类型基因的分布
    2.     基因表达差异分析
    3.     差异基因趋势分析
    4.     表达差异基因GO富集分析
    5.     表达差异基因KEGG富集分析
    6.     差异表达基因蛋白互作网络分析
    7.     外显子表达差异分析
    8.     LncRNA与mRNA的比较分析
    9.     LncRNA表达差异分析
    10.     差异LncRNA趋势分析
    11.     LncRNA靶基因GO富集分析
    12.     LncRNA靶基因KEGG富集分析
    13.     差异LncRNA与差异靶基因互作分析
    14.     LncRNA与miRNA互作分析
    15.     CircRNA差异表达分析
    16.     差异CricRNA趋势分析
    17.     CircRNA来源基因分析
    18.     差异circRNA GO富集分析
    19.     差异circRNA KEGG富集分析
    20.     circRNA与miRNA互作分析
    21.     miRNA差异表达分析
    22.     差异表达miRNA趋势分析
    23.     miRNA靶基因GO富集分析
    24.     miRNA靶基因KEGG富集分析
    25.     mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA联合分析
    26.     mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA基因组圈图
    27.     组间共有特有差异mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA可视化
    28.     mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA可视化平台搭建
    29.     mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA共表达网络分析
    30.     ceRNA分析

部分分析结果展示
全转录组联合分析

全转录组联合分析

蛋白互作
蛋白互作网络图

案例解析

ceRNA调控网络解析泡桐属植物疾病
长非编码 RNA(LncRNA)、环状 RNA(CircRNA)和微小 RNA(MiRNA)在生命活动的调控中起着重要的作用。然而,它们在泡桐中的作用尚不清楚。识别 LncRNAs, CircRNAs, miRNA 通过对正常和被感染的泡桐丛枝病(Pawb)的RNA 序列分析,探讨了它们在泡桐病发病过程中的作用。总共鉴定出 3126 个 LncRNAs、 1634 个 CircRNAs 和 550 个miRNAs。其中 229 个 LncRNAs、 65 个 CircRNAs 和 65 个 miRNAs 有显著差异表达。构造 ceRNA 网络由 5 个 miRNA、4 个 CircRNA、 5 个 LncRNAs 和 15 个 mRNA 组成,它们在健康和感染的泡桐中均有不同程度的表达。本研究提供了泡桐中候选的 ceRNAs,揭示了 Pawb 的分子机制。

ceRNA

ceRNA网络图


参考文献:
Fan G, Wang Z, et al. ceRNA Cross-Talk in Paulownia Witches’ Broom Disease. International Journal of Molecular Sciences, 2018.

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