BSA(Bulked Segregant Analysis)是将两组具有极端性状的群体进行混池测序,比较两组群体在多态位点(SNP)的等位基因频率(AF)是否具有显著差异,即而将目标性状基因定位在染色体区段上, 该方法广泛应用于动植物基因定位中。

应用领域

    •    质量性状或有主效基因的数量性状(例如,植物抗病性)的基因初定位
    •    单一性状的研究

技术路线

技术路线

分析内容

    1.     下机数据统计
    2.     数据质控
    3.     高质量数据获取
    4.     序列比对
    5.     序列比对结果概述
    6.     SNP检测
    7.     SNP统计
    8.     SNP注释
    9.     多样本SNP差异分析
    10.     SNP结果可视化
    11.     InDel检测
    12.     InDel统计
    13.     InDel注释
    14.     SNP index计算
    15.     目标区域性定位
    16.     目标区域性功能分析
    17.     目标区域引物设计

部分分析结果展示
候选基因定位

候选基因定位

案例解析

基于高通量测序的BSA分析方法鉴定西瓜矮杆基因
本研究分别选取30株矮秆西瓜,30株正常西瓜DNA等量混合构成D-pool(the dwarf pool)、V-pool(the vine pool),对两个混池建库;同时对两个亲本单独建库,通过高通量测序结果得到了352,000的SNPs,97,186个多态性纯合SNP;注释得到了4个候选基因,提出基因Cla010726可能是西瓜中矮秆性状的候选基因,并且通过qRT-PCR的方法验证ClaGA20ox基因是造成西瓜矮化的主要原因之一。

QTL-seq方法鉴定西瓜矮杆的基因组区域

QTL-seq方法鉴定西瓜矮杆的基因组区域


参考文献:
Wei D, Defeng W, Zicheng W. et al. Next-generation sequencing from bulked segregant analysis identifies a dwarfism gene in watermelon. Scientific Reports ,2018.

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