ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是使用高通量测序对Tn5转座酶可接近性核染色质区域进行测序分析的一种表观遗传学研究技术。通过转座酶对特定时空开发的核染色质区域进行切割,获得该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,再对这些序列进行聚类,通过motif分析,挖掘这些开放位点的潜在结合转录因子,结合基因表达水平数据,发现关键的调控转录因子。

技术路线

技术路线

分析内容

    1. 原始数据整理、过滤及质量评估
    2. 参考基因组注释整理与统计
    3. 参考序列比对分析
    4. Peak Calling
    5. Peak相关基因GO注释
    6. Peak相关基因KEGG注释
    7. 样品间差异Peak分析
    8. 差异Peak相关基因GO富集分析
    9. 差异Peak相关基因KEGG通路富集分析
    10. 核小体定位
    11. 全基因组染色质开放图谱

部分分析结果展示
染色体开放区域图谱

染色体开放区域图谱

案例解析

转录索引的ATAC-seq精确免疫分析
T细胞创造了基因编码T细胞受体(TCRs)的多元化,因此它使得单个克隆就能够识别特定肽—主要组织相容性复合体配体。T细胞受体(TCRs)基因和转座酶可接近区域测序(ATAC-seq)分析相结合(T-ATAC-seq),在单个细胞水平上提供细胞受体(TCRs)特异性和表观基因组状态的信息,对T细胞恶性肿瘤、免疫和免疫治疗的研究具有重要价值。

Jurkat T 细胞的表观基因组特征识别

Jurkat T 细胞的表观基因组特征识别


参考文献:
Satpathy A T, Saligrama N, Buenrostro J D, et al. Transcript-indexed ATAC-seq for precision immune profiling[J]. Nature medicine, 2018, 24(5): 580.

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