重亚硫酸盐测序

表观遗传学与遗传学相对应,遗传学研究的是基于基因序列改变所致基因表达水平变化,如基因突变、基因杂合丢失和微卫星不稳定等;而表观遗传学则是研究基于非基因序列改变所致基因表达水平变化。最先被发现的和被研究最多的表观遗传学标记就是DNA甲基化现象。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下,一个甲基基团以共价键结合到基因组DNA CpG二核苷酸的胞嘧啶C的5’ 碳位。CpG双核苷酸在人类基因组中的分布很不均一,在基因组的某些区域,如CpG岛,CpG含量超过50%。CpG岛主要位于基因的启动子和外显子区域,长度一般为300至3000bp。DNA甲基化与人类发育和肿瘤疾病有密切关系,CpG岛甲基化导致抑癌基因转录失活问题,以甲基化修饰为主的基因组印记导致的发育疾病,都是表观遗传学的重要研究内容。
Bisulfite sequencing
BSP (Bisulfite sequencing) 重亚硫酸盐测序法是使用重亚硫酸盐处理基因组DNA来检测甲基化程度和样式的方法,是甲基化检测最常用的方法之一。用重亚硫酸盐处理基因组DNA,所有未发生甲基化的胞嘧啶C被转化为尿嘧啶U,而甲基化的胞嘧啶C不变;随后再CpG岛两端设计引物进行PCR,将目的产物纯化后直接进行一代测序,或者进行TA克隆,挑取阳性克隆进行一代测序,最后将测得的序列与原始序列比对,对甲基化位点、数量以及甲基化程度进行分析和统计。
MSP (Methylation-specific PCR) 甲基化特异PCR与重亚硫酸盐测序法BSP类似,首先使用重亚硫酸盐处理基因组DNA,但与BSP不同的是,这种方法不直接进行一代测序,而是利用一对甲基化特异的引物和一对未甲基化特异的引物进行PCR,通过跑胶查看PCR扩增情况,来确定一个或少数几个单独的甲基化位点是否有甲基化。
送样要求:

  • 基因组DNA:浓度≥50 ng/μl,总体积≥10μl;且无明显降解
  • 全血样本:样品需使用EDTA抗凝,总体积≥300μl
  • 口腔拭子或唾液:大于2ml
  • 干血片:直径大于1cm

服务周期:

约5个工作日

交付结果:

  • 原始测序结果(.ab1和.seq文件)
  • 实验报告

案例:H19, imprinted maternally expressed transcript (non-protein coding) DMR 区甲基化测序(BSP法)分析
Bisulfite sequencing-case study
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