泓迅科技自成立起,专注成为领先的合成生物学赋能技术公司,立足自身完备的基因制造平台与生物设计平台,闭环DBTL技术需求,为合成生物学的发展提供有效的技术工具及解决方案。

微生物的基因组中通常含有数千个基因,高通量低成本地发现这些基因与所研究表型之间关联关系显得尤为重要。全基因组CRISPR文库所提供的抑制或激活基因表达工具库能够在多种筛选条件下,在全基因组水平上分析某种表型的关联基因群,为微生物细胞工厂研究提供更有价值的发现。

泓迅科技领先的sgRNA合成和构建平台,可实现对微生物基因组的高效、精准编辑。同时,在定制化CRISPR文库构建的基础上,推出Syno®大肠杆菌全基因组CRISPR抑制文库、Syno®酵母全基因组抑制文库和Syno®酵母全基因组激活文库产品,有效缩短文库交付周期。

  • Syno®大肠杆菌全基因组CRISPR抑制文库
  • Syno®大肠杆菌全基因组CRISPR抑制文库,包括55671个sgRNA和400个阴性对照sgRNA。基于严格的脱靶质量控制阈值,至少一个sgRNA靶向大肠杆菌中98.6%的蛋白质编码基因(4140个)和79.8%的RNA编码基因中(178个);至少有三个sgRNA靶向大肠杆菌中96.8%的蛋白质编码基因和48.9%的RNA编码基因中。CRISPRi文库在基因组水平上的基因覆盖率显著超过了具有相似文库大小的Tn-seq的报道,可以一次性研究细菌中数千个基因和特定表型的关系。

  • Syno®酵母全基因组CRISPR抑制文库
  • Syno®酵母全基因组CRISPR抑制文库中sgRNA的序列主要根据转录起始位点情况进行设计:(1)当通过测序获得转录起始位点时,从该转录起始上游的220个碱基对到下游的20个核苷酸中选择了靶点。(2)当没有转录起始位点可用时,选择编码序列上游350到30个核苷酸之间的靶点。利用这些规则,设计了61094个针对所有带注释的蛋白质编码基因的指南,除了那些预测的具有“可疑”特征的开放阅读框,还针对非编码RNA。大多数基因是由10个独特且明确的sgRNA靶向。CRISPRi文库可用于在酵母中进行全面、高精度的筛选。

  • Syno®酵母全基因组CRISPR激活文库
  • Syno®酵母全基因组CRISPR激活文库中sgRNA的设计的原则和数目与Syno®酵母全基因组CRISPR抑制文库相同,二者主要的区别在于使用的载体类型不同,抑制文库使用的是pdCas9_Mix_Yeast,激活文库使用的是pdCas9_VPR_Yeast。

    服务优势

    1. 精准的sgRNA设计:利用有效的sgRNA设计模型结合深度学习算法,设计出具有高靶向活性和低脱靶率的sgRNA序列。
    2. 节约成本:高编辑效率CRISPR文库,减轻后期筛选工作的难度,降低研究成本。
    3. 一站式服务:提供NGS验证、生信分析等定制化的服务。
    4. 严格质控:构建的文库覆盖率>99.9%,均一性<10。
    5. 交付周期短。

    服务详情

    产品编号 产品名称 序列信息 载体信息 价格 规格
    STCRI221420 Syno®大肠杆菌全基因组CRISPR抑制文库 55671个sgRNA和400个阴性对照sgRNA pdCas9-E2 咨询 200 μg
    STCRI222531 Syno®酵母全基因组CRISPR抑制文库 61094个sgRNA pdCas9_Mix_Yeast 咨询 200 μg
    STCRI222532 Syno®酵母全基因组CRISPR激活文库 61094个sgRNA pdCas9_VPR _Yeast 咨询 200 μg

    相关服务

      sgRNA定制化设计
      sgRNA文库构建
      ssDNA合成
      微生物基因组编辑
      哺乳动物基因组编辑
      sgRNA生物信息分析

    参考资料

    1. Tianmin Wang, Changge Guan, Jiahui Guo, et al. Pooled CRISPR interference screening enables genome-scale functional genomics study in bacteria with superior performance. Nat Commun. 2018; 9: 2475.
    2. Nicholas J. McGlincy, Zuriah A. Meacham, Kendra K. Reynaud, et al. A genome-scale CRISPR interference guide library enables comprehensive phenotypic profiling in yeast. BMC Genomics. 2021; 22: 205.
    3. Elena Cámara, Ibai Lenitz, and Yvonne Nygård. A CRISPR activation and interference toolkit for industrial Saccharomyces cerevisiae strain KE6-12. Sci Rep. 2020; 10: 14605.

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