scBCR/TCR-seq(single-cell B cell receptor/T cell receptor sequencing)单细胞免疫组测序技术可以一次性捕获数万个T细胞或B细胞,然后进行免疫谱分析。使用Feature Barcoding技术将单细胞悬液用抗体或寡肽-MHC多聚体标记,再将标记后的细胞加载到系统中并封装到GEM形成油包水的封闭环境。每个细胞裂解后的转录本用细胞独特的10X barcode标记以区分每个细胞,然后收集cDNA用于下游加工和文库制备。最后通过5’接头的通用引物和免疫分子恒定区的巢式引物进行V(D)J富集来实现免疫谱分析。

单细胞免疫组测序技术揭示每个单细胞的转录组和全长配对的T或B细胞V(D)J序列。结合Feature Barcoding序列技术还用于鉴定与每个细胞相关的特定抗原或细胞表面蛋白,从而可以更准确地表征先天和适应性免疫。

应用领域

• 肿瘤方向研究
• 移植和免疫重建研究
• 自身免疫性疾病
• 抗体开发研究
• 用药及疫苗评估研究

服务优势

• 细胞通量高
• 灵敏度高
• 免疫组库结合转录组

技术路线

样本准备

• 细胞类型:T细胞、PBMC细胞、B细胞、肿瘤细胞
• 细胞数量:>1×105cells/sample
• 细胞浓度:5×105~1.2×106cells/ml,不含Ca2+和Mg2+
• 细胞活性:>80%
• 细胞大小:<40 μm
• 样品运输:特定组织保存液4℃低温运输

生信分析

  1. 克隆类型在不同链型(TCR的ɑ/β链等)中占比统计
  2. Clonotypes展示
  3. 不同克隆型频率在细胞聚类中的分布图

案例分析

案例一

目前原发的肿瘤上皮与内生的同源肿瘤浸润淋巴细胞问题有待进一步研究。Kuo研究组构建了一种气液介质培养患者来源的类器官。利用单细胞测序分析得出,显示类器官中的淋巴细胞保留了初始的肿瘤TCR特征。使用该技术能够在体外肿瘤微环境中进行免疫肿瘤学研究。


参考文献:
Neal,James T.,et al.Organoid modeling of the tumor immune microenvironment.Cell 175.7(2018):1972-1988.

案例二

关注癌症的进程和免疫治疗的效果可依据肿瘤微环境的分析。利用单细胞转录组测序对来自乳腺癌样品,正常乳腺组织,血液和淋巴结进行测序分析。研究表明,肿瘤微环境发生了持续的表型扩张。随后通过对单细胞转录组和T细胞受体利用对表型多样性的组合进一步进行探究,从而提出T细胞的持续激活模型。


参考文献:
Azizi,Elham,et al.Single-cell map of diverse immune phenotypes in the breast tumor microenvironment.Cell 174.5(2018):1293-1308