分子克隆技术又叫DNA体外重组技术，该技术基于分子生物学水平，以人工的方法将目的基因，在体外与载体DNA分子重组，然后将重组子转入受体细胞，筛选表达重组DNA的细胞，再经过纯化、扩增，这一过程称为分子克隆技术。

1. 分离出要克隆的目的基因及载体：

（1）直接分离，适于遗传背景了解比较清楚的细菌染色体、质粒及病毒DNA的提取分离。
（2）人工合成，序列明确的短DNA片段，可用DNA合成仪合成。
（3）由mRNA逆转录合成cDNA
（4）从基因组文库中筛选目的基因用于克隆
理想的质粒克隆载体： 能在宿主细胞中独立复制，并能携DNA片段一同扩增，具有多种常用的限制性内切酶的单酶切位点(MCS, multiple cloning sites)，可插入较大的外源DNA而不影响复制，易于导入受体细胞具有容易操作的检测表型。

2. 用限制性内切酶切割目的基因和载体，使其产生便于连接的末端。
3. 将切割后的目的基因和载体用DNA连接酶连接 。
4. 把连接好的重组载体转化入感受态细胞（细菌：E.coli，真菌：Yeast，昆虫细胞或哺乳动物细胞）。
5. 在不同层次上、不同水平上使用各种方法进行筛选，将带有重组载体的宿主菌从培养基中筛选出来。例如：载体大小，酶切结果，筛选标记等。